Trong các thế kỷ XII-XVI, hoạt động hàng hải của người Chăm phát triển mạnh họ tiếp xúc mua bán với các nước Indonesia, Malaysia, Malacca (là những nước theo Hồi giáo) Hồi giáo bắt đầu vào Chăm Pa theo con đường này. Trong giai đoạn đầu sự truyền đạo mới chỉ xảy ra ở cấp thượng lưu xã hội (triều đình và các người quyền quý), sau năm 1471 (năm thủ đô Vijaya thất thủ, quân Chiêm bị bắt sống hơn 3 vạn người, bị giết 4 vạn người, vua Chiêm là Trà Toàn bị bắt đem về Đại Việt, kinh đô bị phá hủy hoàn toàn), niềm tin vào Bà la môn của người Chăm Pa giảm sút, một bộ phận người Chăm Pa chuyển sang Hồi giáo. Từ năm 1471 đến giữa thế kỷ thứ XVII, mâu thuận dân tộc do tôn giáo diễn ra liên tục giữa người theo BàLamôn và người theo Hồi giáo không chính thống (Một số bộ phận ít người Chăm theo Hồi giáo chính thống và hầu hết họ đã di cư sang Malaysia 1471, sang Thái lan 1448 (Lấn 1) và Campuchia). Đến vị Vua Chăm Po Rome trị vì (1627-1651) ông đã hóa giải xung đột này. Dùng quyền lực của mình đã sáng lập ra một tôn giáo mới là Cham giáo. Chăm giáo có hai phái hỗ trợ lẫn nhau là Bà Ni và Bà Chăm. Vua Po Rome đã phân cộng đồng Chăm thành hai nhóm (theo hệ Nhị Nguyên đối lập): Nhóm cộng đồng có ảnh Bàlamôn (đa thần) phải phụng thờ thêm Thánh mới (Po Birauw): Po Kuk Ulahuk, Po Awluah (Allah) và Thần linh mới: Mohamat, Ali, Fatimah, Ibrahim, Po Tang Ahaok, Po Itha,…và gọi tên là Aheir (Nhóm đực) còn gọi là Bà Chăm. Nhóm cộng đồng ảnh hưởng Hồi giáo không chính thống (Nhất thần) phải thờ phụng thêm tất cả những gì nhóm cộng đồng Aheir thờ, nghĩa là ngoài thờ nhất Thần Thánh Allah - họ phải thờ Thánh mới po Kuk Ulahuk do người Chăm khái quát hóa nên và các vị Thánh thần cũ (đa thần) và Các tín ngưỡng dân giang của người Chăm và Các tục lệ thờ cúng tổ tiên và gọi tên Awal (Nhóm cái) còn gọi là Bà ni. Vua Po Rome đã tạo ra hai cộng mới sống hòa thuận với nhau và xóa bỏ hoàn toàn Hồi giáo không chính thống thời ấy trong đất nước Champa. Một số bộ phận người Chăm nằm ngoài sự cai trị của Po Rome như ở Malaisia, Campuchia (sau này một số nhóm quay lại Sài gòn, Tây Ninh, An gian,)...vẫn theo Hồi giáo chính thống của Ả rập, Malaisia.

Có một số cộng đồng Chăm ở Campuchia theo Hồi giáo không chính thống của Champa cũ. Họ được gọi tên là Chăm Tajuh, Họ giữ nguyên mô hình Hồi giáo không chính thống đó; họ chưa tách hẳn Hồi giáo để trở thành Bà Ni (Bà Ni là tôn giáo ĐA THẦN do người Chăm lập ra sau thế kỷ XVII). Chăm Tajuh năm giữa Chăm Bà Ni và Chăm Islam.

2 nhóm Bà Chăm và Bà Ni thực chất là một tôn giáo duy nhất có tên tiếng Chăm là Agama Cham (Cham giáo) vì hai bên thờ như nhau, tín ngưỡng, tập tục như nhau, hình thức tổ chức hai Chức sắc như nhau, khác nhau cơ bản là Giáo luật, Nhóm đực - Aheir: Hỏa táng (thuộc về Dương - Po lingik). Nhóm cái - Awal: Thổ táng (thuộc về Âm -Po tanâh riya) và phổ biến ở Ninh Thuận và Bình Thuận.

• Hệ thống thánh đường (Chùa)

Ngày xưa, thánh đường làm bằng nhà tranh, sau này được xây cất bằng gạch ngói, hiện nay nhiều thánh đường từng bước được tu bổ khang trang, hiện đại theo phong cách thánh đường nhưng không hoàn toàn chịu ảnh hưởng của phong cách các thánh đường Hồi giáo quốc tế, Chùa Bà ni còn nơi hội họp của các chức sắc, các nhân sỹ trí thức để bàn bạc việc làng.

• Hệ thống chức sắc phái Bà ni_Chức sắc Thầy sư (Po Acar)_Chức sắc dân gian (môn phái Kadhar, môn phái RiJa: Gồm các nghệ nhân sử dụng nhạc lễ, trang trí, thầy cúng, thầy pháp). Thầy sư Acar là những chức sắc tín ngưỡng tôn giáo phái Bà ni, có địa vị cao nhất trong xã hội. Acar là những người trí thức, họ biết chữ Chăm, lưu giữ các sách cổ Chăm quy định về các nghi thức hành lễ, hiểu biết tập tục, truyền bá và thực hiện các nghi thức tôn giáo. Thầy sư Acar được duy trì trong xã hội Chăm theo cha truyền con nối. Về hình thức bên ngoài Thầy sư Acar cảo tóc, không râu. Trên đầu các thầy Acar luôn đội khăn vải màu trắng đỏ và đội thêm một lớp khăn trắng thứ 2, luôn đi giày, hoặc không đi chân đất. Thầy sư Acar được quyền lấy vợ, sinh con

Mỗi Chùa Bà ni đều có đội ngũ chức sắc phụ trách các sự vụ tôn giáo. Tầng lớp tu sỹ Bà ni được gọi chung là "thầy Acar". Tu sỹ Bà ni có trang phục: áo quần màu trắng, áo dài, cạo tóc (ngược lại với các tu sĩ Bà la môn tóc búi tó), quấn khăn. Đối với tín đồ Bà ni và cả tín đồ Chăm Balamon, thầy ACar rất được nể trọng. Ông vừa là người thay mặt cho Thánh làm các nghi thức tôn giáo, vừa là người thay mặt cho người Chăm của cả hai phái tín ngưỡng tôn giáo Bà la môn (Bà chăm) và Bà ni làm chủ nhiều nghi lễ mang tính chất dân gian của người Chăm Bà la môn(Bà chăm) và Bà ni.

• Hệ thống thần linh và hệ thống giáo lý giáo luật

Từ khi thành lập Agama cham (Cham giáo), người Chăm Bà ni là cộng đồng mới và kế thừa và chọn lọc những cái tinh túy của Hồi giáo không chính thống của champa cũ và không liên hệ với cộng đồng Hồi giáo trên thế giới. Vì vậy, phái tín ngưỡng tôn giáo Bà ni của người Chăm không theo hệ thống giáo lý, giáo luật của Hồi giáo. Giáo lý, giáo luật của người Chăm Bà Ni được chọn lọc từ kinh Kor'ân của người Chăm theo Hồi giáo không chính thống của Champa cũ (chủ yếu là kinh Cửu ước của Người Do thái) theo từng bài và có hướng dẫn thực hiện bằng tiếng Chăm một cách rõ ràng và được thống nhất cả cộng đồng phái Bà ni truyền lại từ đời này qua đời khác và được thay đổi cho phù hợp với thực tiễn tín ngưỡng và đời sống xã hội Chăm. Kinh gốc có dấu đóng giáp lai của triều đình vẫn được lưu giữ ở Ninh Thuận.

Phái tín ngưỡng Tôn giáo Bà ni là tín ngưỡng đa thần: Thánh mới (Po Birauw): Po Kuk Ulahuk, Po Awluah (Allah) và Thần linh: Mohamat, Ali, Fatimah, Ibrahim, Po Tang Ahaok, Po Itha,…và Thần Thánh cũ (Po Yang Klak): Po lingik– Po tanâh riya, thần Siva, Thần Núi (Po Yang Cek), Thần Biển (Po Yang Tathik), Thần Sóng (Po Riyak), Thần Ruộng (Po Bhum), Thần Lúa (Po Yang Sri), ... và tục thờ tổ tiên (po Muk Kei).... thờ và phong thần cho người có công Po Inâ Nâgar, vua Poklongarai [2], vua Pôrômê[3]...Chăm Bà ni còn thờ thánh cũ (Po yang Klak) do Po Basaih làm chủ nghi lễ.

Hệ thống nghi lễ

Phái Bà ni thờ cúng khác hoàn toàn với Hồi giáo chính thống, tín đồ Bà ni không tuân theo luật Hồi giáo, không làm lễ năm lần mỗi ngày. Tín đồ Bà Ni chỉ tuân theo luật Awal (tức luật BàNi), tiếng Chăm Adat Awal. Mô hình tổ chức tương tự như Phật giáo.

Ba ngày "Rok haray Muk kei" nghĩa là " Đóng rước tổ tiên Ông Bà đến vui Tết, vui cùng tháng Lễ Ramưwan) và Tháng tịnh chay Ramưwan là thời gian quan trọng nhất của người chăm Bà ni. Người theo tôn giáo Bà ni đã tách bạch rõ hẳn thành một tôn giáo riêng biệt không còn liên hệ gì với Hồi giáo nên Họ không nhịn ăn vào ban ngày như luật Hồi giáo quy định, họ đi làm và ăn học tập như ngày thông thường. Chiều tối họ có thể vào Chùa cầu an, cầu phúc và thời gian khoảng 20 phút đến 30 phút vào lúc Các Thầy sư Acar làm lễ.

Chỉ có các thầy sư Acar phải nhịn ăn ba ngày đầu của tháng Ramưvan. Trong tháng Ramưvan, các thầy sư phải tu ở thánh đường, không được về nhà và chỉ được ăn những lễ vật dâng cúng, khi ăn cơm chỉ được dùng tay. Tháng Ramưwan chia 2 phần: 15 ngày đầu: tịnh chay âm tính: mọi người không ăn động vật trên cảng và chỉ ăn động vật dưới nước; 15 ngày cuối tháng tịnh chay dương tính: mới ăn được động vật trên cảng và Chăm Bà la môn (Bà chăm) cũng đến Chùa cầu nguyện trong tháng Ramưwan.